La fauna ittica che si può trovare nei torrenti e negli specchi d'acqua del Parco non presenta una grande varietà di specie e il popolamento naturale è da tempo alterato a causa delle frequenti introduzioni di trote di allevamento. In questi ultimi anni, però, il Parco ha approvato il Piano ecologico delle Acque che contiene specifiche informazioni gestionali per le popolazioni ittiche, informazioni volte a migliorare il patrimonio attuale, sia con la tutela dei pochi popolamenti naturali ancora presenti che con l'immissione di ceppi autoctoni di trota fario.

Le acque dei Comuni del Parco, infatti, fin dal XVII secolo, sono soggette al diritto esclusivo di pesca da parte dei Comuni, che, attraverso aste pubbliche, danno periodicamente in gestione i lotti di torrente. Questa prassi, consolidata da circa cinquant'anni, costituisce per i bilanci comunali una voce d'entrata importante e irrinunciabile che tuttavia, nel corso degli anni, ha portato a un impoverimento qualitativo del patrimonio ittico per la continua immissione di trote di allevamento, ricercate dai pescatori ma di scarso valore per un corso d'acqua corrente che avrebbe tutte le caratteristiche per ospitare biocenosi ecologicamente ben strutturate.

La trota fario (Salmo t. trutta), diffusa nella gran parte dei torrenti italiani e in quelli del Parco, deriva da un ceppo nord europeo, addomesticato e allevato. Le immissioni delle trote fario nelle acque del Parco hanno provocato la scomparsa o l'inquinamento genetico della maggior parte delle trote autoctone, la trota macrostigma (Salmo trutta macrostigma) e la trota marmorata (Salmo marmoratus). Queste trote, di ceppo mediterraneo perché originarie dell’Europa meridionale e del Nord Africa, perfettamente adattate però all'ambiente alpino, erano un tempo diffuse in tutto il versante tirrenico dell'Italia, in Sicilia e in Sardegna. Oggi sono invece ridotte a poche popolazioni residue. Nel bacino del Gesso, la trota macrostigma, localmente denominata “trota della regina", sembra purtroppo estinta. La trota marmorata occupa un areale posto più a valle rispetto alla trota fario e, nel territorio del Parco, la sua distribuzione è stata stravolta e raramente si trova in forma pura, poiché essa può ibridarsi con la trota fario.

Anche l'areale dello scazzone (Cottus gobio) ha subìto una contrazione dovuta soprattutto ai massicci ripopolamenti a salmonidi piuttosto che a un peggioramento qualitativo delle acque che, nel Parco, sono fortunatamente di ottima qualità. Lo scazzone, dal capo largo e pinne ventrali, dorsali e pettorali estese e ben sviluppate, necessita, infatti, di acque limpide e fresche, con corrente da intensa a moderata, buona ossigenazione e fondi a sassi e ciottoli. E’una specie tipicamente legata al fondo; durante il giorno rimane nascosto sotto ai sassi o tra la vegetazione acquatica, l’attività aumenta nelle ore crepuscolari e si svolge prevalentemente durante la notte. Ha abitudini territoriali e, pertanto, i singoli individui sono sempre distanziati tra loro. Si nutre di invertebrati bentonici e di uova o larve di altre specie. Talvolta mette in atto fenomeni di cannibalismo.

Localizzata e certamente di immissione, è la trota iridea (Oncorhyncus mykiss), specie di origine americana, così come la sanguinerola (Phoxinus phoxinus), specie europea immessa in alcuni laghi a fini di pesca, quale esca per le trote.